ماده ۵- فرایند کلی ثبت معاملات و محاسبه مالیات بر ارزش افزوده در سامانه مؤدیان به صورت زیر است :

الف – صورتحساب الکترونیکی ، توسط فروشنده از طریق سامانه مودیان صادر می­شود. در مورد مؤدیانی که مستقیما” با مصرف کننده نهائی ارتباط دارند ، عملیات ثبت فروش و صدور صورتحساب الکترونیکی ، توسط پایانه فروشگاهی انجام می­شود.

ب- در صورتی که خریدار، مصرف کننده نهائی نبوده و خود عضو سامانه مؤدیان باشد ، صورتحساب الکترونیکی صادر شده توسط فروشنده، به صورت خودکار به کارپوشه وی در سامانه مؤدیان منتقل می­شود و به عنوان اعتبار مالیاتی برای او منظور می شود.

تبصره – مؤدیان مالیاتی مکلفند ظرف مدت سی روز از تاریخ درج صورتحساب الکترونیکی در کارپوشه مؤدیان نسبت به اعلام پذیرش یا عدم پذیرش اینصورتحساب­ها اقدام کنند. عدم اظهارنظر ظرف مدت مذکور به منزله تأیید صورتحساب مربوط می­باشد.

پ- در پایان هر دوره سه ماهه، بدهی مالیات بر ارزش افزوده مؤدی که عبارت است از مابه التفاوت مالیات فروش و مالیات خرید(اعتبار مالیاتی) وی در طول دوره ، طبق مقررات توسط سامانه محاسبه می­شود و در صورتی که مالیات فروش مؤدی بیشتر از مالیات خرید (اعتبار مالیاتی) وی باشد ، مؤدی موظف است مابه التفاوت را به ترتیبی که سازمان مقرر می کند ، به حساب سازمان واریز کند. متقابلا” در صورتی که مالیات فروش مؤدی کمتر از مالیات خرید (اعتبار مالیاتی) وی باشد ، سازمان موظف است با رعایت ترتیبات قانونی مربوطه مابه التفاوت را به مؤدی مسترد کند .

ت- پس از اتمام مواعد مقرر در ماده (۳) این قانون ، مأموران مالیاتی جز در مواردی که در این قانون اجازه داده شده ، نباید در تشخیص بدهی مالیات بر ارزش افزوده اشخاص مشمول دخالت کنند.

ث- به منظور تکمیل اطلاعات سازمان در خصوص مؤدیانی که عضو سامانه مؤدیان نبوده یا بدون صدور صورتحساب الکترونیکی اقدام به فروش می کنند ، سامانه مؤدیان باید به گونه ای طراحی شود که مؤدی بتواند خریدهای خود را که فروشنده برای آنها صورتحساب الکترونیکی صادر نکرده است ، به سازمان اطلاع دهد.

تبصره- گمرک جمهوری اسلامی ایران موظف است امکان انتقال الکترونیکی و برخط اطلاعات مالیات بر ارزش افزوده پرداخت شده توسط واردکنندگان را به سامانه مؤدیان از طریق مرکز ملی تبادل اطلاعات فراهم کند.